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A história gira em torno de um homem chamado Train Heartnet, que saiu de um grupo de elite de assassinos chamado Toki no Bannin para se tornar um Sweeper(Caçador de Recompensas).
Nesse mundo há uma organização secreta, Chronos, que controla um terço da economia mundial através do submundo, controlando todo tipo de actividades. Para manter o equilíbrio do mundo, Chronos é essencial, e por isso é preciso de pessoas que a protejam. Além das pessoas normais, há uma elite especial de assassinos com armas feitas de Orichalco, conhecidas como Chrono Numbers.
Chrono Numbers tem seus números gravados no corpo do usuário e na arma. Existem 12 Chrono Numbers, mas, quando Train Heartnet, um atirador de elite, decide se juntar a Chronos e suas causas, o número XIII é encontrado. Ninguém que foi alvo de Train, conhecido como Black Cat, por trazer má sorte, e seus rápidos movimentos e ataques, conseguiu sobreviver. O nome Black Cat se tornou o nome mais temido entre os assassinos.