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Junjou foca em três casais diferentes, ligados entre si de alguma forma. São chamados Junjou Romantica (principal), Junjou Egoist e Junjou Terrorist. Há, ainda, duas estórias paralelas.
Junjou Romântica: Misaki Takahashi precisa de um professor particular e seu irmão Takahiro convence seu melhor amigo, o escritor Akihiko Usami a a tornar-se seu tutor. Acabam morando juntos e Misaki se vê descobrindo novos sentimentos e aprendendo a lidar com eles.
Junjou Egoist: Hiroki Kamijou foi apaixonado pelo amigo de infância, Akihiko Usami. Hiroki chorava em um parque quando foi surpreendido por Nowaki Kusama que pede para que seja seu tutor mudando a vida de Hiroki completamente.
Junjou Terrorist: You Miyagi, está preso em um amor do passado, divorciado, se vê encrencado quando Shinobu Takatsuki, irmão de sua ex, se declara e destrói tudo que Miyagi conhecia.