Walter e os outros perceberam que o organismo não iria atacar do nada, sem necessidade. Eles notaram no decorrer do episódio que ele estava de alguma forma conectado com o garoto. Quando o garoto se sentia ameaçado, o organismo reagia. Além disso, o organismo do necrotério estava separado do "organismo matriz" no túnel, o que o tornou "inativo". Eles só estavam usando proteção a princípio porque eles não tinham conhecimento do comportamento e natureza do que estavam lidando.

(Desculpa, sei que o seu comentário é de 2015, mas estou reassistindo a série e quis tirar a dúvida para outras pessoas que possam ler no futuro).